In den Jahren 1943-1945 wurde die Villa Caramora mehrfach von deutschen Truppen der SS- Polizei besetzt. Vom 10. bis 22. Juni 1944 diente sie zum ersten Mal als Befehlsstelle für die Leitung der Säuberungsaktion im Val Grande. Der verantwortliche Offizier für die Säuberungsaktion war SS-Polizei Oberstleutnant Ernst Weis. Weis, ausgezeichnet mit dem Eisernen Kreuz Zweiter Klasse, hatte an der Ostfront zahlreiche Massaker an Juden verübt und wurde später, 1964, in Osnabrück wegen Verbrechen im heutigen Ostpolen vor Gericht gestellt; er starb während des Ermittlungsverfahrens an Krebs. Ernst Weis und die Villa Caramora haben traurige Berühmtheit erlangt, weil sie die meisten der 43 Personen beherbergten, die am 20. Juni 1944 in Fondotoce erschossen wurden. Die meisten von ihnen waren Partisanen und Zivilisten, darunter eine Frau, Cleonice Tomasetti. Der Kern der Gruppe war in der Endphase der grossen Säuberungsaktion im Val Grande gefangen genommen worden. Die Gruppe wurde zunächst nach Malesco (Valle Vigezzo) gebracht, wo sie in der Primarschule gefoltert und dann am Nachmittag des 19. Juni 1944 nach Villa Caramora gebracht wurde. Hier wurden die Mitglieder der Gruppe in einem Keller erneut gefoltert. In der Villa Caramora befand sich auch der Richter Emilio Liguori aus Verbania, der am 19. Juni in seinem Büro verhaftet worden war, weil er der Zusammenarbeit mit den Partisanen verdächtigt wurde.
«Die Kellertür öffnete sich, und etwa dreissig Menschen wurden mit Fusstritten und Gewehrkolben von einem Trupp wütender, bestialischer Schläger hineingestossen, die die sogenannte ehrenvolle Uniform des auserwählten Volkes, des Herrenvolkes, des Übervolkes, der Germanen, trugen. Die Szene, die sich mir bot, nachdem so viele unglückliche Menschen den Keller betreten hatten, war eine der schmerzhaftesten, die ich je gesehen habe. Ich glaube, dass ein Rudel hungriger Wölfe, wenn es auf eine Schafherde stösst, seine Opfer mit weniger Grausamkeit und weniger Sadismus behandelt als die deutschen Soldaten gegenüber den armen Partisanen, die im Val Grande aufgetrieben wurden.» - Emilio Liguori
Am 20. Juni wurden die Gefangenen gezwungen, am Seeufer von Intra, Pallanza und Suna entlang zu marschieren, und dann wurden sie nach Fondotoce transportiert. Dort wurden sie in Dreiergruppen erschossen und ihre Leichen zur Warnung mehrere Stunden lang auf dem Gelände hinter der heutigen Casa della Resistenza liegen gelassen. Von dieser Gruppe überlebte nur ein Partisan namens Carlo Suzzi, der von da an als "il Quarantatré"(der Dreiundvierzigjährige) bekannt wurde.
Am Tag der Hinrichtung veranstaltete der Kommandant Ernst Weis in der Villa Caramora ein rauschendes Fest zu seinem fünfzigsten Geburtstag, bevor er Verbania in Richtung Galizien verliess, wo ihm das Kommando über ein neues Bataillon der SS-Polizei übertragen wurde.