Durante gli avvenimenti del 1943-1945 Villa Caramora viene occupata più volte dalle forze tedesche della SS-Polizei. Una prima volta serve come Posto di Comando per la direzione del rastrellamento della Val Grande, dal 10 al 22. Giugno 1944. L'ufficiale responsabile del rastrellamento è il tenente-colonello della SS-Polizei Ernst Weis. Weis, decorato con la Croce di ferro di II classe, ha condotto numerosi eccidi di ebrei sul Fronte orientale e verrà poi processato a Osnabrück nel 1964 per i crimini commessi nell'attuale Polonia Orientale; morì di cancro nelle fasi preliminari dell'istruttoria. Ernst Weis e Villa Caramora sono tristemente noti per aver ospitato il 19-20 giugno 1944, la maggior parte dei 43 fucilati di Fondotoce. Sono perlopiù partigiani e civili, fra i quali un'unica donna, Cleonice Tomasetti. Il fulcro del gruppo era stato catturato durante le fasi terminali del grande rastrellamento in Val Grande. Portato dapprima a Malesco, dopo aver subito torture presso la Scuola Elementare, il gruppo era stato poi avviato nel pomeriggio del 19 giugno 1944 a Villa Caramora. Qui negli scantinati, i membri del gruppo vennero nuovamente torturati. Ne fu testimone giudice di Verbania Emilio Liguori, anch'egli a Villa Caramora, arrestato il 19 nel suo ufficio perché sospettato di complicità con i partigiani.
La porta della cantina si aprì e venne fatta entrare una trentina di persone, spinte avanti a calci e a colpi di canna di moschetto da una squadra di omacci inferociti, bestiali, i quali indossavano la cosiddetta onorata divisa del soldato del popolo eletto, dell'Herrenvolk, del superpopolo: il teutonico. La scena che, dopo l'ingresso in cantina di tanti disgraziati, si presentò al mio sguardo fu delle più penose alle quali io abbia mai assistito. Penso che un branco di lupi famelici, quando capita in mezzo a un branco di pecore, usi verso le proprie vittime una ferocia meno accesa, meno sadica di quella dei soldati tedeschi verso i poveri partigiani rastrellati in Vai Grande. Emilio Liguori
Il 20 giugno, i prigionieri furono costretti a marciare lungo il lungolago di Intra, di Pallanza e di Suna e poi trasportati a Fondotoce. In gruppi di tre, vennero fucilati e i loro corpi rimasero esposti per diverse ore come monito, proprio nell'area retrostante all'attuale Casa della Resistenza. Di questo gruppo, soltanto un partigiano di nome Carlo Suzzi riuscì a sopravvivere, da quel momento conosciuto come "il Quarantaré".
Nello stesso giorno della fucilazione, a Villa Caramora, il comandante Ernst Weis organizzò una sontuosa festa per celebrare il suo cinquantesimo compleanno, prima di partire da Verbania alla volta della Galizia, dove gli fu assegnato il comando di un nuovo battaglione della SS-Polizei.